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U

UniformRatioExchanger - Class in org.simBio.sim.dm.exchange

既定値の倍率を一様に変化させるExchanger

UniformRatioExchanger(Node) - Constructor for class org.simBio.sim.dm.exchange.UniformRatioExchanger

UniformValueExchanger - Class in org.simBio.sim.dm.exchange

値を一様に変化させるExchanger

UniformValueExchanger(Node) - Constructor for class org.simBio.sim.dm.exchange.UniformValueExchanger

UNITS - Static variable in class org.simBio.core.Initializer

attribute name of the units

units - Variable in class org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.Axis

unparsedEntityDecl(String, String, String, String) - Method in class org.simBio.serialize.xml.LogSax2

Receives notification of an unparsed entity declaration

update(double) - Method in class org.simBio.core.integrator.Euler

calculate new y = old y + dy/dt * dt, clear dy/dt
new y = old y + dy/dt * dtを計算し、dy/dtを0にする

update(double) - Method in class org.simBio.core.integrator.EulerList

call all Euler's update()
全てのVariableのupdate()を呼び出す。

update(double) - Method in class org.simBio.core.integrator.Positive

keep the value positive.

update(double) - Method in class org.simBio.core.integrator.PositiveRK

keep the value positive.

update(double) - Method in class org.simBio.core.integrator.Probability

keep the value less than 1.

update(double) - Method in class org.simBio.core.integrator.RungeKuttaList

RungeKuttaの制御ルーチン 入力：t_n,dt_n 出力：(y_{n+1}),dt_{n+1} 現在は固定刻み幅だが，rk4を呼び出す部分を制御することにより 変動刻み幅のRungeKuttaにできるはず そのためにdt_{n+1}も出力するようにしている tは内部では変更しているが，値渡しなのでConductorのtはt=t_nのまま

update(double) - Method in class org.simBio.core.VariableList

solve ordinary differential equations

update(Component, OutputStream, InputSource) - Method in interface org.simBio.serialize.Serializer

update serialized.

update(Component, String, Reader) - Method in class org.simBio.serialize.xml.XMLSerializer

Updates an XML file.

update(Component, OutputStream, InputSource) - Method in class org.simBio.serialize.xml.XMLSerializer

Updates an XML file.

update(Component) - Method in interface org.simBio.sim.gui.ValueChangeObserver

値が変更された時に、このメソッドが呼び出されます。

update(ICollection) - Method in interface org.simBio.sim.ps.IParamSpaceObserver

データが更新されたことを通知。

update(ICollection) - Method in class org.simBio.sim.ps.serialize.TocWriter

結果をXML fileに書き出す。

update() - Method in class org.simBio.sim.ps.view.AbstractPlot

データを更新する。

update() - Method in class org.simBio.sim.ps.view.PlotContour

データを更新する。

update() - Method in class org.simBio.sim.ps.view.PlotLine

Update the plot.

update(ICollection) - Method in class org.simBio.sim.ps.view.PlotLouncher

update() - Method in class org.simBio.sim.ps.view.PlotTimeSeries

UpTake - Variable in class org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.complex.SR

Uptake - Class in org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.flux

Uptake() - Constructor for class org.simBio.bio.kurata_et_al_2005.flux.Uptake

UpTake - Class in org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.flux

Pump current taking up calcium into SR.

UpTake() - Constructor for class org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.flux.UpTake

UQH2 - Variable in class org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.RespiratoryChain.OxidativePhosphorylation

ubiquinol (UQH2) concentration

URL_STATUS - Static variable in class org.simBio.tools.remote.RemoteConstant

計算ステータスファイルURL

Utils - Class in org.simBio.sim.js

Utils